Geo-Energie Suisse AG travaille en étroite collaboration avec différents instituts de recherche nationaux, mais aussi internationaux. La coopération est particulièrement étroite avec le centre de compétences suisse pour la recherche énergétique – Production d’électricité, en abrégé SCCER-SoE (en anglais «Swiss Competence Center for Energy Research – Supply of Electricity»), fondé par Innosuisse. Son objectif est d'accompagner scientifiquement et de soutenir le tournant énergétique. Les EPF, les différentes universités et d'autres centres de recherche y participent également. Un élément essentiel du SCCER-SoE réside entre autres dans les travaux menés dans le laboratoire souterrain du Grimsel. En 2016, des expériences y ont été réalisées dans le domaine de la stimulation et de la circulation in situ. Geo-Energie Suisse AG participe à ces travaux en tant que partenaire industriel. Un autre laboratoire souterrain, dans le Val Bedretto, est actuellement en construction.

Dans le cadre de projets nationaux et internationaux, Geo-Energie Suisse AG travaille en collaboration avec des entreprises et instituts de recherche renommés, actifs dans le secteur de la géothermie profonde. Ces coopérations permettent un échange d'expériences et un transfert de connaissances efficaces à l’échelle mondiale.

Geo-Energie Suisse AG est membre du comité directeur de Geothermie-Suisse et conduit le groupe de travail international visant à «la production et l'amélioration des réservoirs géothermiques dans le sous-sol» (en anglais «Réservoir Creation and Enhancement») de l'AIE Geothermal. De plus, le directeur de Geo-Energie Suisse AG, Dr Peter Meier, préside le comité d’information de l'Association géothermique internationale (en anglais «International Geothermal Association IGA»).