À l’heure actuelle, les centrales de géothermie profonde suisses ne peuvent pas encore être exploitées de façon rentable sans subventions de la Confédération en raison de leur caractère pilote et démonstratif. En effet, chaque projet représente aujourd’hui un développement individuel et aucune entreprise de forage susceptible de réaliser les forages profonds n'est implantée Suisse. En conséquence ces services doivent être achetés à grands frais à l'étranger. Dans la vallée du Rhin, au nord de Bâle (Alsace et Allemagne), des installations commerciales sont toutefois déjà en exploitation.

Une fois la technologie établie, et grâce notamment à la baisse des coûts du forage et du développement des réservoirs, des économies de l’ordre de 75 pour cent sont attendues. L'Office fédéral de l'énergie ainsi que le Centre d’évaluation des choix technologiques (TA Swiss) estiment que les coûts de revient de l’électricité produite par la géothermie profonde seront très attractifs.

Au vu du grand potentiel théorique de la géothermie profonde et des futurs coûts de revient très compétitifs, la géothermie profonde est actuellement soutenue financièrement dans le cadre de programmes de subvention nationaux de la Stratégie énergétique 2050.